武汉大学|读完这篇“搜神记”,毕业论文有救了
【MBA中国网讯】新型冠状病毒疫情形势的变化引发了全球范围的关注,也牵动着亿万民众的心,各大国际期刊及数字平台上的相关学术资源正大规模涌现。关键时期我们更要相信科学的力量,知己知彼,方能百战百胜。学者们对病毒研究地越透彻,越有助于调整疫情防治方案、更好地控制疫情。
目前有些数据库已陆续推出该疾病的防治、心理健康指导等方面的书籍。比如,易阅通电子书平台和书香中国互联网数字图书馆均已针对性推出“新型冠状病毒肺炎防控专题”,从防治、心理健康等角度提出了指导。
下面,小布将分五个步骤来介绍本次文献搜集、整理过程。
01相关研究与分析
冠状病毒属于冠状病毒科、冠状病毒属,是自然界广泛存在的一大类病毒。此次在武汉首先发现的冠状病毒被WHO命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。目前研究主要集中在生物医学领域。由于疫情初次报道为2019年12月,所以近阶段,重点关注一个多月以来,期刊和生物医学网站的相关文献。
确定检索词和检索式
除WHO命名的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)以外,通过浏览国内外政府网站、生物医学网站、媒体报道等有关2019年新型冠状病毒的信息,我们初步确定检索词和检索式。
检索词中文表述有:2019新型冠状病毒/新型冠状病毒/新型肺炎/新冠肺炎/新冠病毒肺炎/武汉肺炎/武汉新型肺炎/武汉病毒性肺炎等。
检索词外文表述有:2019-nCoV/nCoV/novel coronavirus/new coronavirus/China coronavirus/new China virus/Wuhan virus/novel chinese virus/newly identified coronavirus等。
根据以上检索词,初步拟定检索式如下:
中文检索式
SU='2019新型冠状病毒' OR '新型冠状病毒' OR '新型肺炎' OR '新冠肺炎' OR '新冠病毒肺炎' OR '武汉肺炎' OR '武汉新型肺炎' OR '武汉病毒性肺炎' OR nCoV
英文检索式
SU=nCoVOR “2019-nCoV” OR“novel coronavirus*” OR“new coronavirus*” OR“China coronavirus*” OR“new China virus*”OR“Wuhan virus*” OR“novel chinese virus*” OR“newly identified coronavirus*”
03选择检索工具开展检索
根据本研究的学科特点和疾病的时间发展特点,可以先通过学术发现系统进行一站式搜索,了解概况;然后在能快速反映学术研究的综合性数据库和专业数据库中查找;此外,生物医学的开放获取资源(如预印本平台等)能较快发布相关研究,也是快速获取研究信息的工具。
01通过学术发现系统搜索
通过武汉大学图书馆的学术发现系统“珞珈学术搜索”进行一站式检索。学术发现系统除了能帮助研究者一站式发现相关研究文献外,还能为后续更全面地选择检索所需的数据库提供参考。
下图是珞珈学术搜索查找出相关文献的图示。
下图显示了珞珈学术搜索中检出文献在不同数据库中的文献分布数量,据此可初步了解哪些数据库中该主题研究较多,为数据库的选择提供了思路,后续可进一步利用这些数据库进行检索。
02从图书馆订购的综合性数据库中查找
考虑到本研究的学科特性,重点选取综合性全文数据库和权威的二次文献数据库。
举个例子,在中国知网中用“新型冠状病毒”在主题字段中查找,主要在期刊和报纸中有相关文献。其中,关于2019年新型肺炎的期刊文献有26篇。
外文数据库实例,通过Wiley Online Library检索后,可检索到19篇相关文献。
03从图书馆订购的生物医学专业数据库查找
我馆订购的生物医学专业数据库,包括一次文献库和二次文献库,均能查找到相关文献。
对于专业数据库的选择,可以借助图书馆的数据库导航功能,该导航可按学科推荐相关专业的数据库。针对本研究,在数据库导航中,重点选择生物学科分类库和医学学科分类库,使重要的专业数据库不遗漏。
下图为数据库导航推荐的部分医学学科数据库。选择生物学科,同样可查看生物相关专业数据库。
目前我馆订购的下列生物医学专业数据库中均有与本研究相关的文献。
例如,EMBASE数据库是全球权威性的生物医学与药理学文摘数据库,在题名中查找,已收录12篇相关文献。
04通过开放获取资源查找
目前生物医学或相关学科的开放获取资源较多,无论是文献还是数据,都在很大程度上实现了学术成果的共享和研究。
国家科技图书文献中心(NSTL)以NSTL馆藏资源为基础,遴选了国内外呼吸道传染病相关的文献,同时也包括目前已经发表的最新新冠病毒相关文献。文献类型包括中外文期刊、会议录、学位论文、权威报道等,面向中国大陆用户提供全文。
Pub Med Central ( PMC )是美国国立卫生研究院下属的美国国立医学图书馆开发的生物医学文献数据库。PMC提供部分免费及付费全文链接服务, 如免费的MEDLINE及其他相关数据库接入服务。
预印本平台是基于互联网的新型数字学术交流系统和学术出版平台,bioRxiv(生物预印本)、medRxiv(医学预印本)、ChemRxiv(化学预印本)等预印本平台,近期快速发布了研究新型冠状病毒的文章。需要特别说明的是,预印本平台论文不经过同行评审,发表速度快,但论文质量控制机制不如正式出版物,利用预印本资源时需要谨慎判断。
此外,还有一些病毒资源库或基因数据库。例如,2019新型冠状病毒资源库(https://bigd.big.ac.cn/ncov/),收录了来源于NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地点、样本提供单位、数据递交单位等元信息。GenBank序列数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)可查找新型冠状病毒的基因组数据。全球流感序列数据库(GISAID)(https://www.gisaid.org/)收录流感病毒基因序列,以及相关病毒学、临床、流行病学和人口统计学信息,包括本次新型冠状病毒基因组信息的共享。
以bioRxiv为例,从主题途径查找,已有38篇相关文献。
04检索结果分析与检索优化
01命中文献情况
从检索结果看,目前在综合性数据库和专业数据库,以及预印本等开放网站均有相关文献的发布,而且文献呈现出每日增长的趋势。一部分文献发表在Nature,Nature Medcine,Lancet,Journal of Medical Virology,Eurosurveillance等期刊上。预印本服务器上和医学免费网站上也有较多文献发布。
目前检出的结果中,中文文献主要是关于新型冠状病毒疾病的预防、临床特征、治疗等,外文文献主要是研究新型冠状病毒的起源、流行病学和临床特征、感染和免疫反应、传播途径、病毒结构或基因组数据等。
由于本次新型冠状肺炎2019年12月才有报道,如果希望查看最新的研究成果,将查出的结果,按照时间降序排列即可。
02检索优化策略
用“2019新型冠状病毒”及其相关词检索,可查找到近一个多月的最新研究成果。对于研究者而言,如果希望了解更多文献或查找冠状病毒以前的文献,可采取的扩大检索范围的策略包括:
(1)使用概念更宽泛的词,例如中文用“冠状病毒”,英文用“coronavirus*“检索。
(2)调整检索字段,如从题名字段,调整为主题字段,甚至全文字段。
(3)查看相关参考文献。参考文献反映了研究的引用和继承关系。为了获取更多的相关文献,可以参看上述检索结果的参考文献,进一步获取研究文献。
(4)关注更多的学科领域。目前论文以生物医学为主,疫情过后,可能会有更多领域会着手相关研究,如与疾病相关的公共管理,疫情与心理健康等等。
(5)关注更多文献类型。目前主要关注近期的最新文献,以期刊论文和网上资源为主。未来,还会有会议论文、学位论文、专利等更多类型的文献产生。作为研究者而言,查找文献则需要更广泛地查找,获得更为广阔的视野。
相反,如果研究者希望获得更精确的检索结果,或者是权威的学术文献,可采取的策略包括:
(1)尽量将检索词放在题名或关键词中检索。
(2)英文采用短语检索,例如:“novel coronavirus” 。
(3)检索结果限定文献类型为研究型文献。目前阶段,尽量选择学术期刊文献,甚至是同行评审的期刊文献中的研究论文。由于很多数据库都含有多种文献类型,查出来的有些文献,有可能是相关新闻报道或评论文章等内容。例如在nature电子期刊数据库上用nCoV查出的文献中,News有7篇,Editorial有4篇,Comments and Opinion有2篇,Research有2篇,Research Highlights有1篇。重点要阅读其中类型为Research的文献。
(4)选择权威数据库中的文献。权威数据库中的文献经过甄选,如WOS平台收录的文献。
05检索结果管理与跟踪最新研究文献的方法
预计未来新型冠状病毒方面的文献会呈现较快增长。研究者需要有一个高效的文献管理工具软件。NoteExpress是目前较流行的参考文献管理工具软件,可帮助研究者在整个科研流程中高效利用电子资源:检索并管理得到的文献摘要、全文;在撰写论文时,方便地引用并自动生成参考文献索引。
研究者如需持续获取最新研究成果,可以利用数据库的邮件通告(EMAIL-ALERT)功能。如Wiley Online Library,Elsevier SDOS,Springer等数据库,在注册并储存检索策略后,数据库可以定期将研究者感兴趣的领域或检索式相关的最新文献推送到注册的邮箱。
*
为了支持抗击疫情,知网、维普、万方、Springer Nature,Elsevier,Wiley Online Library等超过20个数据库开通了免费使用,或建立了新型冠状病毒相关专题,预计未来免费开放的数据库还会增多。同时,为方便大家使用,我馆将陆续把这些免费资源放到图书馆数据库资源导航中的“网络免费学术资源”栏目,欢迎大家访问。
下面将介绍22个新冠病毒免费数据库,助你把论文写在战胜疫情第*。
01NSTL(国家科技图书文献中心)“新型肺炎应急文献信息专栏”专题数据库
以NSTL馆藏资源为基础,遴选了国内外呼吸道传染病相关的文献,同时也包括目前已经发表的最新新冠病毒相关文献。文献类型包括中外文期刊、会议录、学位论文、权威报道等。
网址:
https://www.nstl.gov.cn/index_coronaviridae.html
全文获取方式:
中文文献、开放获取(OA)文献,即时下载
馆藏外文文献、免费申请,优先处理
特别说明
面向中国大陆用户提供全文,相应费用由NSTL全额补贴
02中华医学会杂志社新型冠状病毒肺炎防治相关期刊
开放包括《英国医学杂志中文版》《中华医学杂志》《中华结核和呼吸杂志》《中华预防医学杂志》《中华传染病杂志》等在内的34种与新型冠状病毒肺炎防治相关学科的医学期刊,供各界人士免费阅读。
网址:http://journal.yiigle.com/
特别说明:查看全文需要先行注册
03万方医学网新型冠状病毒肺炎专题频道
专题频道整理了针对疫情国内外相关文献信息,包括相关指南、相关科普、抗疫专家、文献速递等内容。
网址:
http://subject.med.wanfangdata.com.cn/Channel/7
04Springer Nature新型冠状病毒论文
施普林格•自然精选了旗下期刊最新发表的有关冠状病毒研究的论文,以及相关评论和图书章节,提供免费获取。
网址:
https://www.springernature.com/gp/researchers/campaigns/coronavirus
05Wiley Online Library新型冠状病毒论文
Wiley开放旗下所有冠状病毒相关论文
网址:
https://novel-coronavirus.onlinelibrary.wiley.com
机构帐户用户名:WUHU123
机构帐户密码:WUHU321
免费服务时间:即日起至2020年4 月(暂定)
06Elsevier新型冠状病毒资源中心
爱思唯尔免费资源中心,内容涉及新型冠状病毒(2019-nCoV)和中国疫情的最新信息。
网址:
https://www.elsevier.com/connect/coronavirus-information-center
07BioWorld新闻报道:新型冠状病毒相关专题
该专题的文章来自于BioWorld对新型冠状病毒暴发的持续报道,包括关于冠状病毒的突破性研究、临床、监管和商业发展的新闻,这些新闻可以追溯到1991年。特色话题包含发展中的疫苗和诊断学、病毒相关的科学研究、与以往疫情如SARS和MERS-CoV的比较、全球监管因素以及支持研究的商业新闻,包括发展合作和投资趋势等。
网址:https://www.bioworld.com/
08Cell Press新型冠状病毒资源中心
该资源中心页面可查找2019-nCoV论文的投稿政策,以及Cell Press旗下期刊已发表的有关疫情和病毒的论文。
网址:https://www.cell.com/2019-nCOV
09DynaMed循证医学数据库新型冠状病毒专题
DynaMed汇总了3,000多个医学临床课题,为医生,医学专业学生或医护专业人员提供专业综合信息。该库中关于新型冠状病毒的主题,现在免费开放。
网址:
https://www.dynamed.com/condition/novel-coronavirus-2019-ncov#GUID-9F4FF2A8-42A9-4FE5-AF41-5A9274470A90
10美国医学会(JAMA)新型冠状病毒专题
冠状病毒研究专题含JAMA主编演讲视频、作者采访音频(含中文翻译)、疫情发展地图及其他丰富且实用的科学资源。
网址:
https://jamanetwork.com/journals/jama/pages/coronavirus-alert
11Emerald冠状病毒及流行病管理相关专题
汇集了与冠状病毒组和更广泛的流行有关的许多研究资源。不仅涉及新型冠状病毒的当前临床挑战,及世界如何应对其他先前的冠状病毒爆发(尤其是SARS)和流行病的期刊图书文献资源。研究主题的范围从诸如2003年SARS的法律和道德课程到针对全球问题的公共卫生方法以及SARS对旅游业的影响等领域。
网址:
https://www.emeraldgrouppublishing.com/promo/coronavirus.htm?utm_source=twitter&utm_medium=social&utm_campaign=bnd_Coronavirus_landingpage_20200204_free
免费时间:即日期至2020年3月31日
12柳叶刀(Lancet)新型冠状病毒资源中心
该资源汇集了《柳叶刀》期刊上出版的2019年新型的冠状病毒(2019-nCoV)新内容。
网址:
https://www.thelancet.com/coronavirus
13全球健康药物研发中心(GHDDI)
全球健康药物研发中心(Global Health Drug Discovery Institute, GHDDI)及清华大学药学院免费开放药物研发资源,助力攻克新型冠状病毒。初步措施包括(随后网站会及时更新数据信息和新资源):
(1)机构和科研人员开放,旨在共同开展基于不同靶点或表型的药物筛选。分子库包括ReFRAME化合物库(内含全球最大的一万两千多个通过临床一期的安全性已知的药物分子),多样性的合成分子库,天然产物库,中药提取物库等。
(2)开放GHDDI计算化学和药物虚拟筛选平台。针对新型冠状病毒的多个靶点,通过高分辨率晶体结构或同源建模,基于短期或中长期药物开发目标,利用实体分子库(例如ReFRAME分子库)或千万级虚拟筛选分子库,开展高性能计算虚拟筛选寻找能够对病毒起作用的起始药物分子。
(3)运用GHDDI人工智能药物研发和大数据平台,针对SARS/MERS等冠状病毒的历史药物研发进行数据挖掘与集成,开放相关临床前和临床数据资源,以及针对新型冠状病毒“老药新用(drug repurposing)”预测结果,并跟进新型冠状病毒最新科研动态,实时向科学界和公众公布,为新型冠状病毒科学研究提供重要数据支撑。
(4)协同药物研发服务公司(感谢北京保诺BioDuro的慷慨贡献),提供小分子化学合成、药物设计、药物化学、药代动力学、靶点蛋白生产/生物物理实验/结构生物学等多项服务。
网址:
https://ghddi-ailab.github.io/Targeting2019-nCoV/
14新型冠状病毒国家科技资源服务系统
由国家微生物科学数据中心和国家病原微生物资源库联合建设,由中国疾病预防控制中心、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、中国科学院微生物研究所、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验、中国疾病预防控制中心-中国科学院微生物研究所病原微生物资源与大数据联合研究中心等单位共同建设。系统具备毒种信息、引物信息、全球冠状病毒序列信息查询及分析等功能。
系统将随着新型冠状病毒科研工作的进展,及时发布关于新型冠状病毒科技资源和科学数据的权威信息,为新型冠状病毒科学研究提供重要支撑,并为应对当前新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控提供科技资源专题服务。
网址:http://nmdc.cn/#/nCoV
152019-nCov科研动态监测(中科院文献情报中心)
科技信息监测服务平台从情报工作的需求与工作流程出发,自动帮助情报人员从海量的网络科技信息资源中发现最新最重要的科技资源,借助信息抽取、自动分类、自动摘要、文本挖掘等方法,自动计算分析科技资源的情报价值、科技资源中包含的重要科技对象、重要科技术语,辅助情报人员快速发现研究领域的研究热点、重要科技对象等等内容,从而提升情报工作的效率和效度。
网址:
http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/openhome.htm?serverId=172
16新型冠状病毒信息中心(世界卫生组织(WHO))
网址:
https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019
17新型冠状病毒信息中心(美国疾病预防与控制中心(CDC))
网址:
https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html
18新型冠状病毒信息中心(欧洲疾病预防控制中心(ECDC))
网址:
https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-china
18SSRN(预印本)冠状病毒专题
SSRN是一个开放获取在线预印社区网站,该专题包括关于新型冠状病毒、SARS等传染病的各类研究,涉及医学、公共健康、法律、经济等多学科领域。
网址:
https://www.ssrn.com/index.cfm/en/coronavirus/
20国家基因组科学数据中心2019新型冠状病毒资源库
收录了来源于NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地点、样本提供单位、数据递交单位等元信息。通过该资源库还可访问到国家基因组科学数据中心基因组数据库GWH从公共数据库收录的冠状病毒科基因组和蛋白序列,用户可基于Accession号、种名、属名、采样日期、采样地点、宿主、分离源、发布日期等元信息筛选感兴趣的冠状病毒株,个性化选取序列进行下载以开展相关的科学研究。
网址:https://bigd.big.ac.cn/ncov/
21GenBank序列数据库
由美国国家生物技术信息中心NCBI开发,包含了来自所有可获得的公共来源的DNA序列,主要通过来自个别实验室和大规模测序计划的序列数据的直接提交,并与欧洲生物信息研究所的EMBL数据库和日本DNA数据库进行数据交换。
网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank
22全球流感序列数据库(GISAID)
基于GISAID倡议建立,收录流感病毒基因序列,以及相关病毒学、临床、流行病学和人口统计学信息,旨在促进此类序列和相关数据的共享、研究和调查。
网址:https://www.gisaid.org/
(本文转载自武汉大学经济管理学院 ,如有侵权请电话联系13810995524)
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